Transport nucléocytoplasmique et intranucléaire des virus et médiateurs de l’immunité
Les virus qui se répliquent dans le noyau (comme le VIH et le virus de la grippe) dépendent du complexe du pore nucléaire (« Nuclear pore complex », ou NPC) et de l’architecture nucléaire pour la réplication de leur génome, qui peut persister dans le noyau cellulaire sous forme de cassette intégrée dans la chromatine, d’épisomes ou d’entités génomiques complexes.
Les NPC peuvent favoriser la réplication virale en offrant un micro-environnement riche en nucléotides, en composants de la machinerie SUMO (comme RanBP2, RanGAP1, Ubc9, SENP2), ainsi qu’un réseau hautement connecté avec le cytosquelette et l’architecture nucléaire. Toutefois, les NPC sont également des modulateurs clés dans la réponse antivirale, puisqu’ils régulent l’import de facteurs de transcription de l’immunité innée (les protéines IRF ou NF-κB, notamment) et de facteurs antiviraux (comme TRIM5α) ainsi que l’export de transcrits codant pour des cytokines (par exemple l’ARNm de l’IL-6). De même, des organelles sans membrane du noyau tels que les corps nucléaires de PML (PML-NB) peuvent contrôler l’expression du génome viral et l’établissement de la latence, mais constituent également un point névralgique de la défense antivirale.
C’est la nature centrale des NPC et d’autres structures nucléaires dans la réplication virale et l’immunité innée qui anime nos projets de recherche.
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Projet 1 : Transport du VIH vers le noyau et translocation nucléaire. Depuis plusieurs années, notre équipe étudie en profondeur les mécanismes qui sous-tendent l’import nucléaire et la décapsidation du VIH. Nous avons récemment identifié un signal de localisation nucléaire atypique dans la capside du VIH-1 qui est reconnu par la Transportine-1 pour accompagner les capsides du VIH-1 à travers les NPC. Nous développons actuellement des inhibiteurs d’interaction Transportine-1/capside qui agissent comme des antiviraux spécifiques de l’import nucléaire avec une efficacité élevée et une faible toxicité. |
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Projet 2 : Contrôle de la réponse immunitaire innée à l’infection grippale par RanBP2. RanBP2 est un composant des fibrilles cytoplasmiques des NPC. Nous avons déjà étudié son importance dans l’arrimage du VIH-1 au NPC ainsi que dans la modulation des fonctions de TRIM5α dans les cellules dendritiques. Nos recherches portent actuellement sur la façon dont RanBP2 module la production de cytokines pro-inflammatoires à la suite d’une infection par le virus Influenza A, et comment ce processus est perturbé dans la maladie génétique rare qu’est l’encéphalopathie nécrosante aiguë (ANE1). |
L’équipe VTRIS:
L’équipe en Avril 2024
A l’arrière, de gauche à droite: S. Nisole, G. Beucher, I. Bribes, R. Gaye, S. Desgraupes, M. Gonzalez, M. Seite, A. Decorsière. A l’avant, de gauche à droite: J. Zoladek, S. Perrin, M. Cannac, N. Arhel
L’équipe en Avril 2023
De gauche à droite: S. Nisole, T. Léocadie, A. Decorsière, S. Perrin, E. Quevarec, C. Fournie, S. Desgraupes, N. Arhel, I. Bribès, B. Gouy, J. Zoladek.
L’équipe en Mars 2022
De gauche à droite: N. Arhel, E. Arsac,S. Nisole, P. Gonin, A. Decorsière, M. Cartron, A. Vidal, A. Boulay, J. Zoladek, C. Chamontin.
L’équipe en Mars 2021
De gauche à droite: C. Chamontin, N. Arhel, S. Nisole, M.F. Martin, H. Abiven, G. Maarifi, J. Fernandez, P. Nouaux, E. Gerber-Tichet, A. Boulay, Q. Hertel, F. Blanchet.
Membres de l’équipe
Nathalie Arhel – Directrice de Recherche CNRS
Jim Zoladek – Chercheur CNRS
Sophie Desgraupes – Chercheuse post-doctorale, ANRS
Marion Cannac – Doctorante ENS de Lyon
Ils ont travaillé avec nous (VTRIS Alumni)
Sébastien Nisole – Directeur de Recherche INSERM, 2017-2025
Inès Bribes – Doctorante, 2022-2025
Guillaume Beucher – Chercheur post-doctoral ANR, 2024-2025
Adrien Decorsière – Chercheur CNRS, 2021-2025
Suzon Perrin – Assistante Ingénieure, 2024-2025
Maël Seite – Etudiant M2 (Université de Rennes), 2024
Rokhaya Gaye – Etudiante M1 (Université de Montpellier), 2024
Maxime Gonzalez – Etudiant M1 (Université de Montpellier), 2024
Thomas Léocadie – Etudiant M2 (ENS Saclay), 2023
Emmanuel Quevarec – Etudiant M2 (ENSCM), 2023
Benoît Gouy – Etudiant M1 (ENS Lyon), 2023
Soléna Rossi – Etudiante M1 (Université de Montpellier), 2023
Chloé Fournie – Etudiante M1 (Université de Montpellier), 2023
Célia Chamontin – Assistante Ingénieure (Université de Montpellier), 2017-2022
Pauline Gonin, Etudiante M2 (Université de Montpellier), 2022
Mateo Cartron, Etudiant M2 (Université de Rennes), 2022
Emma Arsac, Etudiante M2 (Université de Montpellier), 2022
Amélie Vidal, Etudiante M1 (Université de Montpellier), 2022
Aude Boulay, Assistante Ingénieure, Sidaction, 2020-2022
Ghizlane Maarifi, Postdoc ANRS, 2019-2021
Marie-France Martin, Doctorante CBS2 Montpellier, Labex EpiGenMed, 2018-2021
Fabien Blanchet, Chercheur INSERM, 2019-2022
Quentin Hertel, Doctorant CBS2 Montpellier, 2020-2022
Camille Talercio, Etudiante M1 (Université de Montpellier), 2021-2022
Pierre Nouaux, Assistant Ingénieur, SATT AxLR, 2021
Elina Gerber-Tichet, Etudiante M2 (Université de Montpellier), 2021
Hervé Abiven, Etudiant 5e année (Ecole de Biologie Industrielle), 2021
Juliette Fernandez, Doctorante Sidaction / Ingénieur d’études, SATT AxLR, 2017-2021
Sarah Maillet, Doctorante, ANRS, 2017-2020
Carla Alemany, Etudiante L3 (Université de Montpellier), 2020
Lina Lapeyre, Etudiante M2 (Université de Montpellier), 2020
Anne-Claire Aurilio, Etudiante M1 (Université de Montpellier), 2019-2020
Justine Lagisquet, IE Recherche, 2017-2019
Willy Lutz, Etudiant L3 (Université de Nîmes), 2019
Richard de Reuver, Etudiant M2 Erasmus (Leiden University, Pays-Bas), 2018
Samah Sharif, Etudiante M1 (Université de Montpellier), 2018
Abderezak Zebboudj, Postdoc, 2017-2018
PUBLICATIONS 2015-2023
2026
– Desgraupes S, Boireau S, Khalil M, Aouinti S, Nisole S, Bolloré K, Barbaria W, Barzaghi F, Dilena R, Boon M, Lunsing RJ, Tuaillon E, Westerholm-Ormio M, Deiva K, Bakker DP, Kuijpers TW, Yeh EA, Lim M, Picot MC, Meyer P, Arhel NJ. An Inflammatory Signature Associated with Genetic 1 Predisposition to Acute Necrotizing Encephalopathy. medRxiv 2026.04.24.26350762.
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– Lucas-Hourani M, Dauzonne D, Mulier-Lehmann H, Khiar S, Nisole S, Dairou J, Helynck O, Afonso P, Tangy F, Vidalain PO. An original chemical series of pyrimidine biosynthesis inhibitors that boost the antiviral interferon response. Antimicrob. Agents Chemother. 2017, 61(10): e00383-17.
– Khiar S, Lucas-Hourani M, Nisole S, Smith N, Helynck O, Bourgine M, Ruffié C, Herbeuval JP, Munier-Lehmann H, Tangy F, Vidalain PO. Identification of a small molecule that primes the type I interferon response to cytosolic DNA. Sci Rep. 2017, 7(1):2561.
– Smith N, Pietrancosta N, Davidson S, Dutrieux J, Chauveau L, Cutolo P, Dy M, Scott-Algara D, Manoury B, Zirafi O, McCort-Tranchepain I, Durroux T, Bachelerie F, Schwartz O, Münch J, Wack A, Nisole S, Herbeuval JP. Natural amines inhibit activation of human plasmacytoid dendritic cells through CXCR4 engagement. Nat Commun. 2017, 8:14253.
2016
– Smith N, Vidalain PO, Nisole S, Herbeuval JP. An efficient method for gene silencing in human primary plasmacytoid dendritic cells: silencing of the TLR7/IRF 7 pathway as a proof of concept. Sci Rep. 2016, 6:29891.
– Maarifi G, Hannoun Z, Geoffroy MC, El Asmi F, Zarrouk K, Nisole S, Blondel D, Chelbi-Alix M. MxA mediates SUMO-induced resistance to Vesicular Stomatitis Virus. J Virol. 2016, 90(14):6598-610.
– Portilho DM, Fernandez J, Ringeard M, Machado AK, Boulay A, Mayer M, Müller-Trutwin M, Beignon AS, Kirchhoff F, Nisole S, Arhel NJ. Endogenous TRIM5α function is regulated by SUMOylation and nuclear sequestration for efficient innate sensing in dendritic cells. Cell Reports. 2016, 14(2):355-69.
– Portilho DM, Persson R, Arhel N. Role of non-motile microtubule-associated proteins in virus trafficking. Biomol Concepts. 2016, 7(5-6):283-292.
– Maillet S, Nisole S. Daxx, a broad-spectrum viral restriction factor. Virologie, 2016, 20(5):261-72.
– Maarifi G, Dianoux L, Nisole S, Chelbi-Alix MK. SUMO paralogs and interferon response. Med Sci. 2016, 32(2):141-3.
2015
– Dutrieux J, Maarifi G, Portilho DM, Arhel NJ, Chelbi-Alix MK, Nisole S. PML/TRIM19-dependent inhibition of retroviral reverse-transcription by Daxx. PLoS Pathog. 2015, 11(11):e1005280.
– Fernandez J, Portilho DM, Danckaert A, Munier S, Becker A, Roux P, Zambo A, Shorte S, Jacob Y, Vidalain PO, Charneau P, Clavel F, Arhel NJ. Microtubule-associated proteins 1 (MAP1) promote human immunodeficiency virus type I (HIV-1) intracytoplasmic routing to the nucleus. J Biol Chem. 2015, 290(8):4631-46.
– Maarifi G, Maroui MA, Dutrieux J, Dianoux L, Nisole S, Chelbi-Alix MK. SUMO promotes resistance to interferon. J Immunol. 2015, 195(5):2312-24.
– Dutrieux J, Portilho DM, Arhel NJ, Hazan U, Nisole S. TRIM5α is a SUMO substrate. Retrovirology. 2015, 12:28.
– Brantis-de-Carvalho CE, Maarifi G, Gonçalves Boldrin PE, Zanelli CF, Nisole S, Chelbi-Alix MK, Valentini SR. MxA interacts with and is modified by the SUMOylation machinery. Exp Cell Res. 2015, 330(1):151-63.
– Kotera N, Dubost E, Milanole G, Doris E, Gravel E, Arhel N, Brotin T, Dutasta JP, Cochrane J, Mari E, Boutin C, Léonce E, Berthault P, Rousseau B. A doubly responsive probe for the detection of Cys4-tagged proteins. Chem Commun. 2015, 51(57):11482-4.
– Blondel D, Maarifi G, Nisole S, Chelbi-Alix M. Resistance to Rhabdoviridae Infection and Subversion of Antiviral Responses. Viruses. 2015, 7:3675-702.
– Octobre 2025: L’équipe VTRIS est fière d’annoncer que Jim Zoladek a été recruté comme chercheur au CNRS !
Félicitations Jim 🎉 Nous te souhaitons plein de succès dans cette nouvelle aventure !
– Septembre 2025: Pour sa dernière participation, l’équipe VTRIS remporte une nouvelle fois la Pipette d’Or !
– Juillet 2025: Nathalie Arhel et Sébastien Nisole, ambassadeurs de l’équipe VTRIS au congrès ASV 2025 à Montréal.
– Avril 2025: L’équipe VTRIS aux Journées Francophones de Virologie 2025, à l’ENS Lyon.
De gauche à droite : Sophie Desgraupes présente ses travaux sur le rôle de RanBP2 dans l’encéphalopathie nécrosante aiguë 1 (ANE1), Marion Cannac sur l’inhibition de la traduction des flavivirus par la protéine SAMD9L, et Jim Zoladek reçoit à nouveau le Renaud Mahieux Award pour son poster sur le rôle de MITD1 dans la protection des microglies contre les virus neurotropes.
– Novembre 2024: L’équipe VTRIS sous les feux de la rampe au Montpellier Infection & Immunity Meeting!
A gauche: Jim Zoladek sur scène pour présenter ses derniers travaux sur la restriction des flavivirus dans les cellules microgliales. A droite: Inès Bribes et Marion Cannac reçoivent respectivement le prix de la meilleure présentation orale et du meilleur poster. Bien joué, l’équipe!!
– Octobre 2024: Quelle était la probabilité que 2 articles de l’équipe sortent le même jour ?
– Avril 2024: L’équipe VTRIS à Bruxelles, pour les Journées Francophones de Virologie.
Gauche: Sophie Desgraupes présente son poster sur le rôle de la nucléoporine RanBP2 dans la régulation de l’export nucléaire du virus de la grippe. Droite: Jim Zoladek expose son travail sur la susceptibilité des flavivirus à l’exonucléase ISG20.
– Novembre 2023: VTRIS @ Singapour !
Gauche: Nathalie Arhel donne un séminaire sur « Le rôle des pores nucléaires dans l’infection et l’immunité » au laboratoire A*STAR Infectious Diseases (ID Labs). Droite: Sébastien Nisole remporte le prix de la meilleure présentation orale à l’International Vector-borne Diseases Conference (IVBDC).
– Avril 2023: Jim Zoladek reçoit le prix Renaud Mahieux au cours des Journées Francophones de Virologie 2023, à l’Institut Pasteur.
– Avril 2023: L’équipe VTRIS à l’assaut du pic Saint-Loup!
– Février 2023: Sébastien Nisole au Symposium “The TRIM family meets in Montpellier”.
– Décembre 2022: Célébration de la promotion de Célia Chamontin avec les collègues.
– Septembre 2022: La pipette d’or revient enfin à la maison, après 3 ans d’absence!!
« It came back to us… our own, our precious!! »
L’équipe VTRIS remporte le challenge inter-équipes 2022 de l’IRIM avec cette photo:
– Août 2022 : Comment les moustiques nous piquent (et les conséquences) dans « The Conversation ».
– Juillet 2022: Postdoc à pourvoir dans l’équipe!
– Juin 2022: Notre papier récemment publié dans Cell Chem Biol (voir précédent post) a été présenté dans « This Week In Virology »!!
Cliquez ci-dessous pour voir Vincent Racaniello et ses co-animateurs expliquer notre article et la technologie Alpha Centauri (à partir de 39’55 ») : 
– Juin 2022: Encore un triple combo pour l’équipe VTRIS, qui publie 3 papiers coup sur coup!
- Maarifi G et al. Identifying enhancers of innate immune signaling as broad-spectrum antivirals active against emerging viruses. Cell Chem Biol (2022).
- Mac Kain A et al. Identification of DAXX as a restriction factor of SARS-CoV-2 through a CRISPR/Cas9 screen. Nat Commun (2022).
- Martin MF et al. Usutu Virus escapes langerin-induced restriction to productively infect human Langerhans cells, unlike West Nile virus. Emerg Microbes Infect (2022).
– Mars 2022: Nathalie Arhel présente ses derniers travaux lors de la Journée Scientifique de Sidaction, à l’Institut Pasteur.
– Mars 2022: Aujourd’hui, c’est Mardi-gras au labo!!
– Octobre 2021: On recrute!
– Avril 2021: On parle de notre projet de start-up, Alpha-Centauri, dans le Midi Libre.
– Mars 2021: Une belle matinée dans la garrigue.
– Novembre 2020: Après une brillante visio-soutenance, Sarah Maillet se voit décerner le titre de Docteur! Bravo Sarah!!
– Juillet 2020: Quentin Hertel décroche une bourse de thèse au concours de l’école doctorale CBS2. Bien joué, Quentin!! Nous sommes ravis que tu restes 3 ans de plus dans l’équipe!
– Juin 2020: Un grand merci à l’ANR et la Région Occitanie de financer notre projet Alpha-CoV, qui vise à mettre en œuvre un test rapide et fiable pour le criblage haut-débit de molécules antivirales actives contre le SARS-CoV-2.
– Mars/Avril 2020: L’équipe VTRIS garde le contact malgré le confinement.
– Février 2020: Juliette Fernandez reçoit le trophée i-PhD 2019 des mains de Frédérique Vidal, Ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Félicitations, Juliette !!
Les 29 lauréats du trophée i-PhD
– Février 2020: Nathalie Arhel et Sébastien Nisole participent au congrès « Viruses – Novel Concepts in Virology » à Barcelone.
Pouvez vous nous trouver?
Nathalie préside la session « Viral genetics and evolution »
– Novembre 2019: Un grand bravo à notre nouveau Dr, Juliette Fernandez, qui a brillamment défendu sa thèse! On est tous fiers de toi, Juliette!
– Octobre 2019: Sébastien Nisole est éditeur invité d’un numéro spécial du journal Viruses intitulé « Facteurs antiviraux intrinsèques ». Les soumissions sont maintenant ouvertes et nous attendons vos contributions!
Date limite de soumission: 1er novembre 2020
Pour de plus amples informations, merci de visiter la page web dédiée à ce numéro:
https://www.mdpi.com/journal/viruses/special_issues/antiviral_factors
– Septembre 2019: Après 3 ans d’efforts, la très convoitée pipette d’or est enfin à nous…!!!
« It came to us, our own, our love… our precioussss!! »
L’équipe VTRIS remporte le challenge inter-équipes 2019 de l’IRIM avec cette photo:
Le Making-of:
– Septembre 2019: Ce n’est pas 1, ni 2, mais bien 3 papiers de l’équipe VTRIS qui viennent d’être acceptés pour publication… super rentrée!!
– Juillet 2019: Sarah Maillet, Célia Chamontin et Juliette Fernandez participent aux défis sportifs organisés pour les 80 ans du CNRS, au sein de l’équipe dIRIM Team!
– Mars 2019: L’IRIM arrive en force aux Journées Francophones de Virologie, à l’ENS Lyon. Juliette Fernandez y présente les travaux de l’équipe sur le rôle de TNPO1 dans le désassemblage et l’import nucléaire du VIH-1.
– Mars 2019: Nathalie Arhel, Célia Chamontin et Sébastien Nisole se joignent à l’équipe « IRIM Greyhound » pour le marathon de Montpellier en relais! 42,2km en 3h53… bien joué les lévriers!!
– Janvier 2019: Sitôt arrivé, sitôt financé! Fabien Blanchet vient d’obtenir un financement auprès de l’ANRS pour poursuivre son projet de recherche sur la restriction du VIH-1 dans les cellules de Langerhans. Bien joué, Fabien!!
– Décembre 2018: Nous sommes ravis d’accueillir un nouveau PI dans l’équipe, Fabien Blanchet, CR INSERM et spécialiste des cellules myeloïdes, de l’immunité antivirale et du VIH. Il nous rejoint accompagné de Ghizlane Maarifi, post-doc financée par l’ANRS. Nous leur souhaitons une chaleureuse bienvenue!
– Décembre 2018: Nathalie Arhel et Sébastien Nisole participent au congrès « Immunotherapies for Infectious Diseases » organisé à Lyon.
– Octobre 2018: L’équipe VTRIS au concours « Top Chef » de l’IRIM.
De gauche à droite: J. Fernandez, S. Maillet, G. Maarifi.
– Septembre 2018: Nathalie Arhel organise un workshop très stimulant au Domaine de Verchant, avec le soutien de l’ANR.
– Juin 2018: Marie-France Martin obtient un financement de 3 ans auprès du Labex EpigenMed pour étudier la réponse immunitaire innée des arbovirus dans les cellules immunitaires humaines. Félicitations et bienvenue Marie-France!
– Mai 2018: Juliette Fernandez organise à l’IRIM, pour la première fois en région Occitanie, le congrès des Apprentis Chercheurs pour le compte de l’association l’Arbre des Connaissances. Des binômes de collégiens et lycéens ont eu l’opportunité de découvrir le travail en laboratoire tout au long de leur année scolaire et ont ensuite présenté leurs résultats devant leur famille et leurs professeurs lors d’un congrès organisé dans l’amphithéâtre du CNRS. Un grand merci aux équipes de l’IRIM qui ont accueilli ces chercheurs en herbe dans leur laboratoire.
– Avril 2018: Les membres de l’équipe VTRIS se joignent à la Team IRIM pour participer à la « Ruée des Fadas », une course d’obstacles de 8 km.
– Avril 2018: L’équipe acueille Richard de Reuver, étudiant hollandais en Master Erasmus, qui vient réaliser un stage de 6 mois. Bienvenue Richard!
– Février 2018: Nathalie Arhel et Sébastien Nisole participent au congès « Viruses – Breakthroughs in Viral Replication » à Barcelone.
Qui nous trouvera sur ces photos?
– Octobre 2017: l’équipe VTRIS remporte le 2e prix de la compétition vidéo de l’IRIM. Nous visons le premier prix pour la prochaine compétition, la très convoitée pipette d’or…!
Photo de gauche, de gauche à droite: S. Maillet, J. Fernandez, C. Chamontin, A. Zebboudj, J. Lagisquet
Photo de droite: S. Maillet et J. Fernandez
– Octobre 2017: L’équipe VTRIS est heureuse d’accueillir 2 nouveaux membres, Abderezak Zebboudj (postdoc) et Justine Lagisquet (Ingénieure d’Etudes). Bienvenue à Zak et Justine!
– Septembre 2017: Nous accueillons Célia Chamontin, qui rejoint l’équipe en temps qu’Assistante ingénieure statutaire (Université de Montpellier). Nous sommes ravis de ton arrivée dans l’équipe, Célia!
– Juin 2017: Sarah Maillet obtient un financement de 3 ans auprès de l’ANRS pour réaliser sa thèse au sein de l’équipe. Elle y étudiera le mécanisme moléculaire par lequel la protéine celulaire Daxx inhibe la rétro-transcription du VIH-1. Félicitations, Sarah!
– Mai 2017: Premier Escape game pour l’équipe VTRIS, qui parvient à sortir de la pièce en moins d’1 heure!
De gauche à droite: S. Nisole, N. Arhel, C. Chamontin, J. Fernandez, S. Maillet
– Avril 2017: L’équipe VTRIS participe à une chaîne humaine géante pour former le mot « Science » place du Peyrou à Montpellier. Nous sommes au niveau du 2e « C » de « Science » sur cette photo satellite.
– Mars 2017: Juliette Fernandez tient le stand Sidaction avec Véronique dans le hall de l’IRIM.
– Janvier 2017: Pendaison de crémaillère au laboratoire, pour célébrer la création de l’équipe avec le reste de l’Institut.
– Janvier 2017: Juliette Fernandez obtient un financement de 3 ans pour réaliser sa thèse au sein de l’équipe. Elle y développera des outils innovants pour étudier l’import nucléaire du VIH. Félicitations, Juliette!
– Janvier 2017: Inauguration de l’équipe Trafic viral, Restriction et Immunité innée (VTRIS en anglais, pour « Viral Trafficking, Restriction and Innate Signaling ») à l’IRIM.
EN BREF
L’équipe VTRIS a été créée au 1er janvier 2017, suite à un appel d’offres international lancé par l’IRIM. Elle bénéficie depuis sa création du soutien du labex EpiGenMed.
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