Dynamique Membranaire et Virus

Notre équipe “Dynamique Membranaire & Virus” (MDV) a pour but d’étudier les interactions entre virus et cellules à différentes échelles spatiotemporelles. Les virus étudiés dans le laboratoire nous permettent de mieux comprendre des mécanismes moléculaires et cellulaires fondamentaux et réciproquement, la biologie cellulaire des infections virales nous donne des informations précieuses quant aux processus de subversion virale.

Spécifiquement, nos projets s’articulent autour de 3 axes complémentaires :
  • Le transport intracellulaire entrant/sortant : comment les virus des hépatites B et C (VHB et VHC respectivement) interagissent avec leurs récepteurs à la surface de la cellule et dans les endosomes lors des étapes d’entrée ? Comment la cellule régule la sécrétion de vésicules extracellulaires et de récepteur viraux transmembranaires néo-synthétisés ?
  • Manipuler le trafic intracellulaire pour mieux comprendre les cellules et les virus : Caractérisation approfondie du mode d’action d’une molécule antivirale à large spectre qui interfère avec le transport endolysosomal.
  • L’impact des infections virales sur les fonctions cellulaires via l’induction de réarrangements subcellulaire : Comment les virus Zika et VIH influencent la transmigration des monocytes circulant vers les tissus sains ?
Nous manipulons couramment dans le laboratoire les techniques de virologies relatives aux virus VHB, VHC Zika et VIH. Cela inclus : RT-qPCR, Western Blot, cytométrie en flux, immunofluorescence, ARN interférence, plaque assay, …
Nous avons également développé des approches innovantes avancées, notamment les méthodes CRISPR/Cas9, RUSH, imagerie confocale 3D à haute résolution sur cellules vivantes, spectrométrie de masse, système xénotypique sur embryon de poisson zèbre, …
La philosophie du laboratoire est de dépasser les limites méthodologiques, ne pas se dire « ce n’est pas possible », mais plutôt « comment va-t-on y arriver ? » pour aller au-delà des dogmes conceptuels et autres idées reçues.

Financements

En cours :
  • Atip-Avenir, ANRS, INSERM-région, ANR.

Passés (depuis 2016) :

  • FRM, EMBO LTF, chaire d’attractivité Idex (Université de Strasbourg), Prestige (européen), initiation de collaboration avec la Chine (ambassade franco-chinoise).

Membres de l'équipe


de gauche à droite : Maïka Deffieu, Camille Clément, Raphael Gaudin, Nilda Vanesa Ayala-Nunez

Members précédents

Cristina Dorobantu, Post-doctorante (EMBO LTF) – chargé de projet à ViroClinics, Rotterdam (Pays-Bas)
Vincent Lucansky, ingénieur de recherche (FRM) – chercheur Biomedical Center Martin JFM CU (Slovaquie)
Ieva Cesonyte, étudiante ESBS – étudiante en thèse chez Dr. van Kuppeveld, Utrecht (Pays-Bas)
Lucie Klughertz, étudiante Master 2 Virologie – préparation du concours de professeur des écoles
Laurine Seltz, étudiante ESBS – 3ème année d’école d’ingénieur ESBS.



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Dec 2018

Nos récents travaux publiés ont été mis en avant dans le dernier numéro du magazine de l'Inserm :



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Nov 2018

Bravo à Vanesa qui a gagné le 1er prix de la meilleure présentation orale du SoMM meeting 2018 !




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Nov 2018

Nous sommes heureux d'accueillir Eliott Vernier, étudiant du Master 1 BIOTIN de Montpellier. Il travaillera en lien avec Vanesa et Raphael afin de développer de nouvelles approches méthodologiques (Crispr, microfluidique, ...).




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Oct 2018

Après avoir démarré l’équipe MDV en 2016 en Alsace, nous avons déménagé en direction de Montpellier le 1er Octobre 2018. Quelques déballages de cartons et plusieurs épisodes cévenols plus tard, nous voilà à nouveau prêts pour continuer nos recherches à l’IRIM, dans un environnement scientifique dynamique et stimulant.


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Halloween 2018



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Journée karting Février 2018




Liste Pubmed de Raphael Gaudin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=raphael+gaudin

Articles publiés depuis 2015 :

* Co-premier auteurs
# Co-corresponding auteurs
 
  1. Padilla-Rodriguez M, Parker SS, Adams DG, Westerling T, Puleo JI, Watson AW, Hill SM, Noon M, Gaudin R, Aaron J, Tong D, Roe DJ, Knudsen B, Mouneimne G. The actin cytoskeletal architecture of estrogen receptor positive breast cancer cells suppresses invasion. Nature Communication. 2018 Jul 30;9(1):2980. doi: 10.1038/s41467-018-05367-2.

 

  1. Coulter ME*, Dorobantu CM*, Lodewijk GA*, Delalande F, Cianferani S, Ganesh VS, Smith RS, Lim ET, Xu CS, Pang S, Wong ET, Lidov HGW, Calicchio ML, Yang E, Gonzalez DM, Schlaeger TM, Mochida GH, Hess H, Lee WA, Lehtinen MK, Kirchhausen T, Haussler D, Jacobs FMJ#, Gaudin R#, Walsh CA#. The ESCRT-III Protein CHMP1A Mediates Secretion of Sonic Hedgehog on a Distinctive Subtype of Extracellular Vesicles. Cell Reports. 2018 Jul 24;24(4):973-986.e8. doi: 10.1016/j.celrep.2018.06.100.

 

  1. Faure F, Jouve M, Lebhar-Peguillet I, Sadaka C, Sepulveda F, Lantz O, Berre S, Gaudin R, Sánchez-Ramón S, Amigorena S. Blood monocytes sample MelanA/MART1 antigen for long-lasting cross-presentation to CD8+ T cells after differentiation into dendritic cells. International Journal of Cancer. 2018 Jan 1;142(1):133-144. doi: 10.1002/ijc.31037.

 

  1. He K, Marsland R, Upadhyayula S, Song E, Dang S, Capraro BR, Wang W, Skillern W, Gaudin R, Ma M and Kirchhausen T. Dynamics of phosphoinositide conversion in clathrin-mediated endocytic traffic. Nature. 2017 Dec 13. doi: 10.1038/nature25146. Highlighted in F1000Prime.

 

  1. Chou YY, Krupp A, Kaynor C, Gaudin R, Ma M, Cahir-McFarland E, Kirchhausen T. Inhibition of JCPyV infection mediated by targeted viral genome editing using CRISPR/Cas9. Scientific Reports. 2016 Nov 14;6:36921. doi: 10.1038/srep36921.

 

  1. Aguet F*, Upadhyayula S*, Gaudin R*, Chou YY, Cocucci E, He K, Chen BC, Mosaliganti K, Pasham M, Skillern W, Legant WR, Liu TL, Findlay G, Marino E, Danuser G, Megason S, Betzig E, Kirchhausen T. Membrane dynamics of dividing cells imaged by lattice light-sheet microscopy. Molecular Biology of the Cell. 2016 Nov 7;27(22):3418-3435. Highlighted.

 

  1. Verrier ER, Colpitts CC, Bach C, Heydmann L, Zona L, Xiao F, Thumann C, Crouchet E, Gaudin R, Sureau C, Cosset FL, McKeating JA, Pessaux P, Hoshida Y, Schuster C, Zeisel MB, Baumert TF. Solute Carrier NTCP Regulates Innate Antiviral Immune Responses Targeting Hepatitis C Virus Infection of Hepatocytes. Cell Reports. 2016 Oct 25;17(5):1357-1368. doi: 10.1016/ j.celrep.2016.09.084.

 

  1. Chou YY, Cuevas C, Carocci M, Stubbs SH, Ma M, Cureton DK, Chao L, Evesson F, He K, Yang P, Whelan SP, Ross SR, Kirchhausen T#, Gaudin R#. Identification and characterization of a novel broad spectrum virus entry inhibitor. Journal of Virology. Feb 2016. pii: JVI.00103-16.

 

  1. Gaudin R. [Enhancing our single molecule experience using Crispr]. Médecine/Sciences. Nov 2015 31(11):959-61. doi: 10.1051/medsci/20153111007. Highlighted.
  • Protéomique : Sarah Cianferani, Christine Carapito, François Delalande et Aurélie Hirschler - LSMBO, Strasbourg
  • Chimie fonctionnelle : Alain Wagner et Guilhem Chaubet – équipe BFC, Illkirch-Graffenstaden
  • Jacky Goetz et Gautier Follain - INSERM U1109, Strasbourg
  • Pascal Thérond, Institut de Biologie Valrose (IBV), Université de Nice, France
  • Sherif Zaki et Gillian Hale - Center for disease control (CDC), Atlanta, USA
  • Jean Pierre Vartanian - Institut Pasteur, Paris
  • Yves Mély - Faculté de Pharmacie, Illkirch-Graffenstaden
  • Franck Perez et Gaelle Boncompain - Institut Curie, Paris
  • Delphine Muriaux et Cyril Favard - IRIM, Montpellier
  • Tao Xu et Eli Song - Institute of Biophysics, Chinese Academy of Science, Beiging, China
  • Chris Walsh et Mike Coulter - Harvard Medical School et HHMI, Boston, USA
  • Ghassan Mouneimne – The University of Arizona Cancer Center, Tucson, USA
We are always looking for motivated students that are interested in our work.

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On Nov 19th, 2018.
 
 


Post-doc position in EV biology


 Study of the secretion of a novel subpopulation of extracellular vesicles

We are looking for a motivated post-doctoral scientist to join the research team “Membrane dynamics & viruses” (MDV) headed by Raphael Gaudin, part of the IRIM UMR9004 - CNRS research institute, Montpellier, France. Our lab is interested in various aspects of intracellular trafficking pathways in health and disease. In particular, we are currently studying secretion of biological entities out of the cells, including extracellular vesicles and viruses. We recently discovered a novel extracellular vesicle subtype containing Sonic Hedgehog (Shh) we called ART-EVs (Coulter, Dorobantu et al. Cell Rep, 2018) and we aim to better characterize these vesicles and their secretory route. The proposed project will take advantage of state-of-the-art imaging techniques, Crispr-Cas9 strategies and other innovative approaches mastered in the lab.

Key words: Exosomes; Extracellular vesicles; Intracellular trafficking; Membrane dynamics; Secretion

Profile and skills of the candidate: You are going to defend or already hold a PhD in Cell biology with experience in membrane trafficking. Previous experience with exosomes or extracellular vesicles is a plus. You are curious, motivated and have a problem-solving mindset. The successful candidate is expected to perform bench work and communicate his/her results through internal and external seminars. The project will be conducted in collaboration with two other labs with in vivo and proteomics expertise. The applicant is expected to speak English, while French is not a prerequisite.

Lab: The institute is located on the CNRS campus of Montpellier in the sunny south of France. We offer an internationally renowned research environment with direct access to modern infrastructures and advanced facilities for imaging and flow cytometry.

Dead line / Starting dates: Mid 2019    

Responsable


Raphaël Gaudin

Chef de l'équipe MDV, CRCN CNRS, HDR



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En bref

L'équipe MDV étudie ce que font les virus aux cellules ... Ou plutôt ce que font les cellules aux virus... Brefs la vie intime des relations virus-cellules

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Financements












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IRIM
Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier
UMR 9004 - CNRS / UM
1919 route de Mende - 34293 Montpellier cedex 5
FRANCE

 

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